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為降低作物在生長期間的病害發生率，苗期的消毒殺菌是必要的一項農事作業，尤其苗株的消毒殺菌後，在定植於田間後，因為移植逆境會造成的苗株折損問題也會比較低。除了使用一般慣行農藥以外，亞磷酸的應用亦是在這幾年除了有機栽培以外，普遍且廣泛運用於農業上一種替代農藥且不錯的選擇。而亞磷酸的主要功能是利用連續的噴灑後，促使作物產生自體免疫功能，此一方法類似動物施打預防針的意思一般。而亞磷酸是一種強酸的化學藥品，施用前須使用鹼性化物作中和，而常使用者為氫氧化鉀。
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而冬季的主要栽培區，仍然是集中在中南部，而台南以南、高、屏地區本以大面積的果樹栽培為大宗，但在不同的區域上，仍有多種與中部地期有所別的短期作物的產業。而在北部的設施蔬菜依然是其短期作物主要種類之一。因此，大部分的蔬菜、茄果或瓜果類等蔬菜在冬季低溫時期，若再遇到連續降雨，就容易發生特定的真菌性病害，尤其是在冬季較為大宗的番茄、馬鈴薯等茄科作物就容易發生晚疫病，而晚疫病可能會造成番茄栽培田的大面積死亡。所以大部分的保護作業應從苗期即提早進行，且確實執行。
而每年的冬季低溫期間，氣候相對於其他北半球之高緯度國家來說，氣候溫和且宜人，雖然偶爾的大型冷氣團南下會造成的急遽低溫，可能造成不同程度的農業損害，但仍然不減此時期為許多蔬果類的重要生產季節的重要地位；尤其是大部分的結球類蔬菜、溫帶根莖類與多種茄瓜果類，在台灣的冬季確實才是這類作物的最佳栽培時期；在正常的氣候表現來說，冬季在台灣依南北的分界來說，中部以北因為受到東北季風的影響，容易帶來降雨，而於南部則是標準的旱季，但是因為近年氣候轉變，南部旱季亦不明顯。
台灣的冬天受到東北季風的影響，通常都在鋒面南下的時候才有可能發生嚴重性的低溫寒害；而且受到氣候變遷因素，在無鋒面影響的時間通常仍是維持在氣候溫和的條件，尤其是雲林以南的中、南部主要的農業栽培區域，甚至可能在日正當中的正午期間達26-28以上的溫暖氣溫，所以台灣的農業施作在面對低溫寒害的防護作業通常都是鋒面南下的那段期間須特別注意；即便如此，近十年來的冬天都會發生的急遽低溫，通常都是難以避免且容易發生嚴重性的農業損害的，不管是農業或漁業都應該特別注意。
而秋天常常是許多果樹營養生長與生殖生長的生長相轉換點，例如多種芸香科果樹、荔枝、芒果等即是需要秋冬的時期的乾燥低溫，抑制營養生長的葉芽萌發，並且刺激植株花芽分化；而此時期亦是禮肥施用的時間點，又某些芸香科果樹可能在此短時間仍然是掛果期間，一般都是待果實採摘後進行一次禮肥，即告年度工作的結束；另外可以在花芽分化期間施用磷、鉀比例較高的肥料，以協助果樹花芽分化的協助，但應注意果樹的健壯條件，施用濃度不宜過高，避免果樹老化問題產生，反而影響到果樹的掛果數量。