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而低溫期間，因為作物的生物效應較為緩慢，對於土壤內的礦物營養吸收效果較差，尤其是運移速度較差的鈣、磷與多種微量元素，雖然冬天因為氣溫低，作物因為代謝速度慢，所以在元素缺乏徵狀的產生或發生率通常也比夏季不明顯，而冬季會產生的元素缺乏問題也與夏季有些差異，例如夏季較易缺鎂而冬季較易缺鐵，所以不管是夏季或是冬季的栽培期間，可以透過使用綜合微量元素來預防多種缺乏症狀的發生。而為了提高冬季作物的抗寒能力以及採收後的運輸傷害，可以提高鉀素的施用來提升。
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冬天氣溫低，可能造成作物對氮肥的攝取效力降低，而在低溫低照度的栽培期間，又容易因為低照度，造成作物產生徒長的問題；而因為冬季對於南台灣等主要的農業生產地區是旱季，而作物在吸收肥料又需要水分的共同攜伴帶往植物體內，所以冬季的肥料施用上，需注意到水分的供給是否充足，並且為了彌補土壤內肥料由根部吸收的效率下降，可以透過施用葉面肥的方式補充，使得肥料的使用更節省，而利用葉面肥的施用，可以加大作物的整體吸收面積，促進作物可以得到更充分的營養，是不可輕忽的管理方式。
而正確的使用亞磷酸，才能使亞磷酸的效力達到最佳效能；不正確的施用方式並無法完全發揮到亞磷酸該有的功能，頂多只是提供肥料磷與鉀素的效能而已。一般使用亞磷酸的方式是利用育苗期間作全株噴灑，或在定植後作全株噴灑作業，並且要掌握每七天一次，連續三次的噴灑間隔，以刺激作物產生防禦能力，幼苗噴灑時，應該注意苗株的齡期至少要達到三枚本葉的階段，而苗株作防護噴灑時不應該把稀釋濃度隨意提高，避免高磷效應造成苗株老化的問題產生，而成株的施用亦可依季節的變化重複處理。
為降低作物在生長期間的病害發生率，苗期的消毒殺菌是必要的一項農事作業，尤其苗株的消毒殺菌後，在定植於田間後，因為移植逆境會造成的苗株折損問題也會比較低。除了使用一般慣行農藥以外，亞磷酸的應用亦是在這幾年除了有機栽培以外，普遍且廣泛運用於農業上一種替代農藥且不錯的選擇。而亞磷酸的主要功能是利用連續的噴灑後，促使作物產生自體免疫功能，此一方法類似動物施打預防針的意思一般。而亞磷酸是一種強酸的化學藥品，施用前須使用鹼性化物作中和，而常使用者為氫氧化鉀。
而冬季的主要栽培區，仍然是集中在中南部，而台南以南、高、屏地區本以大面積的果樹栽培為大宗，但在不同的區域上，仍有多種與中部地期有所別的短期作物的產業。而在北部的設施蔬菜依然是其短期作物主要種類之一。因此，大部分的蔬菜、茄果或瓜果類等蔬菜在冬季低溫時期，若再遇到連續降雨，就容易發生特定的真菌性病害，尤其是在冬季較為大宗的番茄、馬鈴薯等茄科作物就容易發生晚疫病，而晚疫病可能會造成番茄栽培田的大面積死亡。所以大部分的保護作業應從苗期即提早進行，且確實執行。